Il existe plus de 200 000 espèces de champignons, dont une petite centaine est impliquée dans des maladies humaines. Les champignons microscopiques nuisibles à la santé de l'homme peuvent provoquer différentes manifestations regroupées sous le terme de "mycoses" : depuis les mycoses dites superficielles, qui touchent la peau ou les ongles, jusqu'aux mycoses dites systémiques qui peuvent toucher tous les autres tissus ou organes et sont souvent très graves, notamment chez les sujets immunodéprimés.

Depuis les tavaux de Wittaker et de Kendrick, l'ensemble de la biosphère est classé en cinq règnes principaux :

1. les Procaryotes : bactéries et cyanobactéries dépourvues de noyau.
2. les Protistes : eucaryotes (la cellule possède un noyau) unicellulaires.
3. les Végétaux : eucaryotes pluricellulaires réalisant la photosynthèse.
4. les Animaux : eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui ingèrent.
5. les Champignons : eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui absorbent

Le rôle principal des champignons dans la nature est de décomposer les matières organiques : ce mode de nutrition est appelle saprophytisme.   Les champignons saprophytes (ou saprobies) se nourrissent des végétaux ou animaux morts, mais sont capables de synthétiser certaines substances eux-mêmes. 

• Ce sont des Eucaryotes avec des noyaux typiques entourés d'une membrane et contenant des chromosomes. Ce caractère les différencie des Bactéries qui sont des Procaryotes avec un chromosome libre à l'intérieur de la cellule.

• Le champignon est une plante trés simple, sans racine, ni tige,ni feuille, est un thalle; donc c'est un THALLOPHYTE
  ( du grec, thallos = pousse et phytos = plante )
  c'est un végétal saprophyte c'est à dire qui se nourrit de matières organiques inertes
  se reproduisant par des spores peu visibles, c'est un cryptogames ( du grec, kruptos = caché et gamos = union )
  Les champignons microscopiques possèdent un thalle unicellulaire ou filamenteux, et produisent des fructifications extrêmement fines.
  La plupart, comme les moisissures et les levures, sont des SAPROPHYTES, tandis que d'autres se développent en parasites et causent d'importants dégâts aux plantes cultivées.

• Ils ont une paroi cellulaire chitineuse, ce qui les rapproche plus des animaux que des végétaux, dont la paroi est cellulosique.

• Ils développent un appareil végétatif appelé mycélium.

Caractères des champignons :

1 - eucaryotes : les chromosomes sont enfermés dans un noyau ;

2 - hétérotrophes : incapables d'utiliser l'énergie solaire, ils utilisent de nombreuses molécules carbonées fabriquées par d'autres êtres vivants ;

3 - absorbotrophes : dépourvus de racines, tiges et feuilles,  leurs cellules permettant la nutrition par absorption ;

4 - leur appareil végétatif est ramifié, diffus et tubulaire ; il est constitué de filaments fins enchevêtrés, les hyphes, à croissance apicale ;

5 - fabrication de substances qui leur sont propres (tréhalose, mannitol...), leur paroi contient de la callose, de l'hémicellulose et de la chitine (voisine de la chitine des insectes) ; leur premier polymère glucidique est le glycogène ;

6 - reproduction par des spores de natures diverses, issues d'une reproduction asexuée ou  sexuée (et alors haploïdes après une phase à dicaryon plus ou moins longue) ; élaboration fréquente de structures de formes très variables portant ces spores : les sporophores.

7 - spores non flagellées (uniflagellées chez les Chitridiomycota).

Comment se développent-elles ?

2.1 Mode de développement

L'appareil végétatif, qui permet la croissance et le développement, est composé de filaments appelés hyphes dont l'ensemble constitue un réseau: le mycélium. Celui-ci est parfois visible sous forme de petites tâches colorées à la surface de substrats moisis. Il va à la recherche de ses aliments, dégrade le support par émission d'enzymes et d'acides, en transforme les composants à l'intérieur de la cellule et rejette les déchets à l'extérieur, ou les stocke. La dégradation du substrat peut être infime ou considérable, selon l'adaptation spécifique du champignon, la durée et les conditions de son développement. Cette activité de dégradation est cause de la détérioration des supports.

La colonisation du susbstrat est donc réalisée par extension et ramification des hyphes. L'accroissement de celles-ci s'effectue par le sommet, ou apex, où s'effectue l'essentiel des réactions de synthèse et dégradation du métabolisme dit "primaire", indispensable à la construction de la cellule du champignon. Les régions apicales des hyphes sont caractérisées par la présence de nombreuses vésicules cytoplasmiques contenant les enzymes et les précurseurs de synthèses de nouveaux polymères. Les produits du métabolisme "secondaire" non indispensable au fonctionnement de la cellule, sont plutôt stockés en région subapicale. Les métabolites secondaires les plus connus sont les pigments, les antibiotiques, les mycotoxines...

Les hyphes sont appliquées sur le substrat ou parfois immergées dans celui-ci. Elles absorbent, à travers leur paroi, l'eau, les substances nutritives et les ions qui y sont contenus. Cette fonction implique une perméabilité pariétale qui diminue de l'apex vers les zones plus âgées. Dans les zones actives il y a en permanence des échanges entre l'intérieur et l'extérieur de la cellule.

Au point de vue structural les sont des sortes de tuyaux contenant le cytoplasme, les noyaux et autres organites cellulaires. Elles sont généralement cloisonnées. Dans les parties jeunes du mycélium les cloisons sont percées de pores qui permettent le passage du contenu cellulaire d'un compartiment à l'autre. Dans les parties les plus âgées, les cloisons sont fermées, isolant les parties en voie de dégénérescence des parties actives.

Conditions de développement

Bien qu'elles soient relativement peu exigeantes, un certain nombre de facteurs, nutritifs et environnementaux, doivent être réunis pour que les moisissures se développent.

Les principaux facteurs de développement sont

Les éléments nutritifs

Les plus importants sont le Carbone et l'Azote, utilisés sous forme de composés organiques, et des ions minéraux (Potassium, Phosphore, Magnesium ...) en quantités très faibles.

Certains produits, les acides aminés par exemple, peuvent pénétrer dans la cellule sans transformation tandis que d'autres tels que l'amidon, la cellulose, les protéines... doivent être transformés préalablement par le champignon avant d'être absorbés. Cette transformation nécessite, de la part de la moisissure, un équipement enzymatique adapté, souvent caractéristique des espèces. Un Trichoderma par exemple dégradera la cellulose tandisqu'un Scopulariopsis sera plus actif sur un support de nature protéique. De toutes façons les quantités nécessaires et suffisantes au développement des moisissures sont extrêmement faibles.

Les facteurs de l'environnement

À la différence des substances nutritives qui sont toujours beaucoup plus abondantes que ne le nécessite le développement des moisisures, les facteurs physiques de l'environnement (humidité, température, oxygène...) constituent un élément déterminant pour son initiation.

Parmi ceux-ci, le plus important est l'humidité.

Tout le monde sait que les moisissures apparaissent après un accroissement accidentel de l'humidité. En effet, la quantité d'eau disponible dans le substrat et l'ambiance environnante est très importante pour initier leur développement. Il y a échange permanent entre l'environnement et le support jusqu'à atteindre un point d'équilibre à la surface de ce dernier où pourra se développer la moisissure ( pour les aliments, cette valeur est définie comme l'activité de l'eau ou aw; elle est approximativement inverse de l'humidité relative).

L'humidité relative minimum pour que commencent à se développer certaines moisissures peu nombreuses, dites xérophiles, est de 65-70 % (Eurotium -Aspergillus du groupe glaucus). Au fur et à mesure que l'humidité augmente s'installent ensuite des moisissures différentes, de plus en plus nombreuses vers 80-90%. Ainsi selon l'espèce identifiée sur un substrat on peut approximativement définir l'évolution de l'humidité relative de celui-ci. La seule façon d'éviter le développement de contaminants fongiques est donc bien de maintenir une hygrométrie faible dans l'environnement.

Température

La plupart des champignons, surtout les moisissures, sont mésophiles c'est à dire qu'ils se développent autour de 20- 25°C, température moyenne habituelle des aires de stokage non climatisées sous les latitudes européennes. Cependant il peut y avoir des particularités pour certaines espèces et c'est ainsi que l'on définit des températures cardinales qui sont les températures minimales, optimales et maximales de croissance.

Exigences thermiques pour le développement de moisissures

MÉSOPHILES   Maximum < 50° C Minimum > 0° C Optimum 15-30° C THERMOPHILES   Maximum 50° C Minimum 20° C Optimum 35-40° C THERMOTOLERANTS   Maximum 50° C Minimum > 0° C Optimum 15-40° C PSYCHROPHILES   Maximum 20° C Minimum < 0° C Optimum 0-17° C

La plupart des moisissures sont mésophiles - Oxygène Les champignons sont des organismes aérobies. Cependant, certains tolèrent des quantités relativement faibles d'Oxygène et peuvent même se développer en anaérobiose avec production díéthanol et díacides organiques. Le métabolisme des champignons peut être modifié selon la teneur en oxygène environemental; par exemple la production de mycotoxines (patuline et acide penicillique) décroit considérablement en conditions díoxygénation faible (Samson et al., 1988). - pH Les champignons sont peu sensibles au pH du milieu. Ils se développent entre 4,5 et 8 avec un optimum entre 5,5 et 7,5. Certaines espèces (Aspergillus niger) peuvent se développer jusqu'à 1,7 et 2. Cette faculté de se développer en milieu acide permet de les séparer des bactéries pour l'isolement Physiologie Il faut rappeler que les champignons sont des végétaux non chlorophylliens, incapables de photosynthèse qui vient obligatoirement en saprophyte ou en parasite. Tous assimilent le GLUCOSE, sont AEROBIES et ont besoin d'EAU Toutes les moisissures sont saprophytes se développant sur et au détriment de matériaux inertes très variés (papiers, bois, aliments...). Certaines peuvent être "opportunistes", c'est à dire que, bien que naturellement saprophytes, elles peuvent dans certains cas se comporter en parasites, se développer sur des organismes vivants animaux ou végétaux dont les défenses sont affaiblies, les tuer et finalement passer à un développement saprophyte

Comment se multiplient-elles ?

Après un certain temps de développement, les moisissures comme tous les champignons et autres êtres vivants, doivent se reproduire, puis se propager pour aller coloniser d'autres substrats.

Elles se multiplient par des spores, minuscules particules vivantes (3-5 mm pour la plupart) d'origine sexuée et/ou asexuée. Ce sont des cellules deshydratées au métabolisme réduit, entourées de parois protectrices épaisses qui les isolent du milieu ambiant. Elles sont produites en très grand nombre; par exemple un sporophore de Serpula lacrymans (plus connue sous le nom de mérule) peut produire en moyenne 3000 spores par mm2 et Puccinia graminis champignon microscopique parasite des graminées, produit 2,5 10 7 spores par m2 (Gregory, 1961). Elles peuvent survivre très longtemps, plusieurs mois à plusieurs années. C'est sous cette forme qu'elles sont dispersées puis se déposent sur des supports nouveaux. Lorsque les conditions environnementales deviennent favorables (augmentation de l'humidité principalement), elles germent, comme des graines, et redonnent du mycélium qui reformera, à son tour, des spores. Certaines nécessitent un stimulus, généralement thermique, pour germer (Madelin, 1966) De simples petits fragements de mycélium peuvent également se régénérer et redonner une colonie.

Les spores se forment à partir du mycélium selon des processus plus ou moins différenciés mais en tous cas très variés. Elles peuvent être solitaires, groupées en chaînes ou en têtes, portées à la surface du mycélium ou contenues dans des enveloppes cellulaires L'identification des moisissures repose principalement sur leur mode de formation et de groupement sur le mycélium.

Différents modes de groupement des spores de moisissures Dans la mesure où toutes les espèces n'ont pas les mêmes caractères physiologiques ni les mêmes exigences écologiques, leur identification précise est très importante; elle peut donner des indications précieuses sur l'origine de la contamination et, par suite permettre d'adapter un traitement efficace. Le terme de "moisissures" n'a pas réellement de signification systématique; il désigne tous les champignons microscopiques qui intéressent l'économie et l'environnement humains, de façon bénéfique ou néfaste. Les moisissures sont donc des champignons et ont fondamentalement, les caractères de ces organismes. Elles sont hétérotrophes car elles ne peuvent pas, comme les plantes vertes, synthétiser la matière organique à partir du gaz carbonique atmosphérique. Elles doivent donc puiser dans le milieu ambiant l'eau, les substances nutritives et les éléments minéraux nécessaires à la synthèse de leur propre matière. Elles les absorbent à travers la paroi de leur appareil végétatif. On dit quíelles sont absorbotrophes

En quoi et comment sont-elles dangereuses pour les objets ?

Les moisissures sont agressives et dégradantes seulement sous leur forme mycélienne c'est à dire lorsqu'elles se développent parce que les conditions environnementales sont favorables. Sous la forme de spores elles peuvent se disperser très largement et contaminer, mais sont inertes aussi longtemps que l'environnement ne permet pas leur développement.

Il y a donc lieu de bien séparer les phénomènes de contamination par des spores qui ne causent pas de dégâts immédiats mais constituent un grand danger potentiel, de la dégradation qui est la phase active due à du mycélium en expansion.

En effet, nous avons vu que les moisissures doivent puiser dans le substrat les aliments nécessaires à leur développement. Pour accomplir cette tâche elles transforment, prédigèrent, les aliments complexes qui les entourent, en éléments plus simples, assimilables et transférables à travers leur paroi. Cette digestion s'effectue par production et émission d'enzymes (cellulases, ligninases, pectinases etc) ou d'acides. Mais ce mécanisme de digestion, bénéfique pour la cellule fongique est néfaste pour le support, qu'il s'agisse d'un papier dont la cellulose sera dégradée, d'un objet en bois dont la lignine sera décomposée ou d'un aliment qui sera avarié ou chargé en toxines. En progressant le mycélium peut ainsi altérer de grandes quantités de matériaux. Sans atteindre un niveau de dégradation profonde qui nécessite un long temps de croissance, le simple développement d'une petite colonie superficielle peut, selon la nature du support, causer une altération.

Comment s'effectue la contamination, étape primordiale de la dégradation? Dispersion

Les spores sont donc formées par le mycélium en grand nombre. Le moindre petit choc, frôlement, ou courant d'air les détache et les emporte. L'ambiance extérieure comme celle des locaux d'habitation, contient toujours des spores en suspension, en quantité plus ou moins grande selon la saison, la présence d'objets ou de murs moisis, par exemple, qui émettent des spores. Les principales espèces rencontrées dans l'ambiance appartiennent aux genres Penicillium, Aspergillus et Cladosporium.

Cependant, des travaux récents que nous avons menés dans des bibliothèques et réserves d'objets d'art montrent que les espèces présentes dans l'ambiance ne correspondent pas toujours à celles qui sont sur les objets.

Différents contaminants rencontrés dans l'atmosphère et sur les supports d'une réserve

Que se passe-t-il donc ?

Le mode de dispersion et de transfert des spores n'est pas le même pour toutes les espèces. Certaines spores, appelées gloeiospores ont une paroi épaise de consistance humide et restent collées entr'elles par un mucus (Acremonium sp, Exophiala sp...); de ce fait elles forment des amas plus lourds difficilement transportables par l'air. Elles seront véhiculées au niveau des substrats par contact, par des insectes, par l'eau mais rarement par l'air (Acremonium sp, Exophiala sp, Chaetomium sp) (Heineman et al., 1994). D'autres espèces par contre, ont des spores à parois sèches (xérospores), facilement dissociables et légères. Elles pourront être en suspension dans l'air et aisaiment dispersées par les courants d'air. C'est le cas des Penicillium et Cladosporium que l'on trouve en grand nombre dans l'environnement.

Sédimentation

Lorsque cessent les mouvements d'air, les spores de l'atmosphère sédimentent à une vitesse qui dépend de leur forme, de leur ornementation, de leur taille (Al-Doory, 1984) mais aussi du degré d'hygrométrie et de l'intensité des mouvements de l'air. En atmosphère calme, la décantation est très rapide, environ 35 minutes pour atteindre le niveau zéro.

Modes de vie des champignons :

Les champignons, dépourvus de chlorophylle, sont incapables d'utiliser l'énergie solaire. Pour se développer ils vont exploiter (comme nous le faisons nous-mêmes) l'énergie provenant de la dégradation de la matière organique élaborée par d'autres êtres vivants. Ils sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone et trouvent leur "nourriture" selon 3 modalités différentes.

La nécrotrophie [ou saprophytisme] : Les champignons nécrotrophes (autrefois appelés saprophytes) se développent aux dépens de la matière organique en décomposition (litière, bois mort, excréments...). Ce mécanisme permet le recyclage des éléments à la surface de la planète.

Le biotrophie [ou parasitisme] : Les champignons biotrophes (ce terme est actuellement préféré à celui de "parasites") puisent leur matière organique dans un être vivant (animal, champignon ou végétal) et provoquent diverses maladies dont les mycoses humaines. De nombreuses plantes cultivées sont ainsi la proie de champignons microscopiques (oïdiums, fusariums, rouilles...).

La symbiose :
1er cas : les champignons s'associent avec un partenaire chlorophyllien macroscopique, Spermaphyte, Ptéridophyte ou Bryophyte :  il y a symbiose mycorhizique.
2ème cas : Les champignons s'associent avec un partenaire chlorophyllien microscopique, Algue ou Cyanobactérie :   il y a symbiose lichénique.

QU'EST - CE QU'UN CHAMPIGNON ?

Les champignons ou mycètes, sont des végétaux eucaryotes thallophytes, non chlorophylliens.

Les thallophytes : comprennent les embranchements des bactéries, des lichens, des champignons et des algues et dont l'appareil végétatif est constitué par un thalle.

Le thalle est l'appareil végétatif des végétaux inférieurs où l'on ne peut distinguer ni racine, ni tige, ni feuilles.Dans la plupart des cas, ce thalle est constitué par des filaments mycéliens, ramifiés, tenus. Ces filaments sont cloisonnés ou non. Les filaments cloisonnés le sont en articles mono ou plurinucléés et prennent le nom d'hyphes. on dit que ces filamanets sont septés (septomycètes). les cloisons sont incomplètes. Elles permettent les échanges cytoplasmiques d'une cellule à l'autre. Dans tous les cas, la croissance des filaments se fait par leur extrémité distale.

Parfois, le thalle est constitué par des globules unicellulaires comme c'est le cas pour les levures.

Quelques champignons ont une morphologie différente à l'état parasitaire et à l'état saprophytique. Ils sont dits dimorphiques.

• A 25°, in vitro ils ont une forme filamenteuse

• A 37 °, in vivo et en culture en milieux enrichis, ils ont une forme levure; c'est le cas d'un certain nombre de champignons des mycoses profondes (Histoplasma, Coccidioöides)

Ces végétaux non chlorophylliens, donc incapables de photosynthèse doivent trouver leur carbone dans les composés organiques. Ils sont donc obligatoirement :

• soit saprophytes : vivant sur des organises morts

• soit symbiotiques : se développant en association avec d'autres organismes avec tolérance ou bénéfice pour les deux partenaires

• soit parasites en déterminant chez l'hôte une maladie ou MYCOSE.

La reproduction

La reproduction s'effectue selon deux modes :

• asexuée : végétative. elle est de loin la plus importante, elle est parfois le seul mode connu. Elle est assurée par la production de spores ou conidies. Ces spores sont formées soit à l'intérieur d'articles vésiculeux - et ne sont libérés que par rupture de la paroi- soit sur des filaments sporigènes ou conidiophores. Il existe différents types de spores

  • blastospore : spore née par bourgeonnemnt d'u filament ou d'une pore précédemment formée, pouvant rester en chaînette - levures et pseudomycélium des levures.

  • phialospore spore née par bourgeonnement cytoplasmqiue d'une cellule fertile portée par le conidiophore, la phialide et restant accrochée en chaînette à la sore secondairement formée - Aspergillus.

  • aleuriospore : spore apicale à base d'insertion très large, formée par un simple renflement de l'extrémité du conidiophore -Dermatophytes-

  • arthrospore : spore formée par différenciation puis segmentation du filament initial - Géotrichum

  • chlamydospore : spore à paroi très épaisse, intercalaire ou terminale qui est une forme de résistance capable de redonner par bourgeonnement un thalle identique;

• sexuée : elle est caractérisée chez les zygomycètes par l'union de deux filaments différents en organes reproducteur avec production d'une zycospore.

  • chez les ascomycètes, la copulation des deux gamètes entraîne la formation d'un zygote à dicaryon engendrant des asques ou sac contenant des ascospores (8 en règle générale)

  • chez les basidiomycètes : il y a formation de basides bourgeonnant chacune 4 basidiospores.

Rôle Pathogène

Les champignons déterminent les mycoses ou maladies parasitaires dues à leur développement dans les tissus de l'organisme. Les champignons sont largement répandus dans la nature et seulement quelques espèces sont pathogènes pour l'homme.

POURQUOI UN CHAMPIGNON DEVIENT-IL PATHOGENE POUR L'HOMME ?

Première condition évidente son introduction dans l'organisme humain.

• ceci est naturellement réalisé dans le cas des champignons saprophytes : candida, géotrichum...

• les champignons présents dans le milieu extérieur sont introduits dans l'organisme de façon accidentelle

  • soit par voie transcutanée : piqûres d'épines, échardes, contact avec un sujet parasité humain ou animal,contact indirect avec des spores (rôle de la marche nu-pieds, piscines...)

  • soit par voie aérienne : Histoplasma, Aspergillus

  • soit par voie digestive

Mais le nombre des agents des mycoses est faible par rapport aux multiples espèces fongiques que l'on inhale, ingère ou introduit par accident dans les téguments. Il existe donc des facteurs de sélection de telle ou telle espèce pathogène. Ces facteurs sont de deux ordres

Facteurs dépendant de l'organisme receveur

• âge : résistance naturelle à certaines mycoses dues à certaines espèces, races, personnes, tissus. Exemple : les teignes sont plus fréquentes chez les enfants de 5 à 10 ans que de 11 à 15. Cela serait dû au développement des glandes sébacées qui est tel qu'à la puberté la teneur en acides gras non saturés est multiplié par 2, 3 ou 4 et seraient de très ons fongistatiques.

• sexe : les femmes résistent mieux que les hommes (sauf pour les candidoses)

• race : les sujets de race noire sont plus sensibles à la coccidioïdomycose que ceux de race blanche et inversement pour la blastomycose.

• tissu : les dermatophytes n'attaquent jamais les poils pubiens ou axillaires.

Par ailleurs, l'organisme est capable de réagir contre l'implatation de ce parasite par la formation d'anticorps protecteurs circulants ou par le développement de réactions immunitaires à médiation cellulaire utilisées dans le diagnostic immunologique des mycoses.

Classification des champignons :

Le règne fongique comprend actuellement environ 70 000 espèces recensées (parmi lesquelles 13500 sont lichénisées et font l'objet d'une science autonome : la lichénologie). Mais les estimations actuelles, proposées par extrapolation, évaluent le nombre effectif de champignons, à la surface de la planète, à plus d'un million d'espèces.

Les organismes fongoïdes [ce terme non officiel rassemble artificiellement l'ensemble des organismes classiquement étudiés par les mycologues et donc considérés comme des "champignons" au sens strict, mais appartenant actuellement soit au règne fongique, soit à d'autres règnes] étudiés par les mycologues peuvent être répartis en 3 groupes d'origine phylogénétique diverses (seul le dernier groupe doit actuellement être conservé dans le règne fongique) :

1. les "Myxostelideae"

Les "Myxostelideae" classiquement appelés Myxomycètes [autrefois de la division des Gymnomycota] : ils  possédent un plasmode et assurent leur nutrition par phagocytose. Ils ne présentent pas les caractères énumérés précédemment et ne peuvent plus être considérés comme des champignons au sens strict (Certains sont classés dans les Protistes, d'autres ne peuvent que faire l'objet d'un règne autonome). Ils sont toutefois étudiés par tradition par les mycologues

2. certains "Stramenopila"

Le groupe monophylétique des "Stramenopila" contient les Oomycètes (comme les mildious), les diatomées, les algues brunes...
Les mycologues étudient depuis toujours les Oomycètes, ceux-ci présentent une reproduction sexuée au cours de laquelle sont élaborées des spores bi-flagellées. Leur thalle n'est pas cloisonné (thalle siphonné, thalle à structure coenocytique). La plupart de ces êtres sont de redoutables parasites de nos cultures (exemple : le mildiou de la vigne...).

3. les "Mycota" correspondent au  règne fongique actuel au sens strict :

ayant une reproduction sexuée et produisant des spores non (ou uni)  flagellées. Ce sont ces organismes qui constituent le règne fongique au sens strict et que nous classons en quatre grandes divisions :
- les Chytridiomycota produisant des spores mobiles uniflagellées,
- les Zygomycota à spores non flagellées et à thalle siphonné (Trichomycètes et Zygomycètes),
- les Ascomycota à spores non flagellées, à thalle septé et formant en général 8 ascospores à l'intérieur de chaque asque (l'asque étant le méiosporange, cellule fertile dans laquelle se déroule la caryogamie et le brassage génétique),
- les Basidiomycota à spores non flagellées, à thalle septé et donnant en général 4 basidiospores à l'extérieur de chaque baside (qui constitue ici le méiosporange).

Note : les Deuteromycota ou "Champignons imparfaits" [qui constituaient une division dans les schémas de classification antérieurs et regroupaient les formes dépourvues de reproduction sexuée (jamais d'asques ni de basides) mais se reproduisant uniquement par voie végétative] ne sont plus reconnus en tant que division autonome : on place ces formes asexuées dans les divisions auxquelles appartiennent leur phase sexuée (soit Asco- soit Basidiomycota). Si on ignore (pour le moment) à laquelle de ces divisions appartient leur forme sexuée, deux cas de figure se présentent : 
1) soit les données biochimiques ou moléculaires permettent d'attribuer ces champignons imparfaits à l'un ou l'autre de ces groupes ; 
2) soit on les conserve provisoirement dans un ensemble artificiel (sans valeur hiérarchique dans la systématique) dénommé "ensemble des champignons mitotiques

Les phycomycètes :

Les phycomycètes sont surtout représentés par les mildioux et les rouilles.

Les phycomycètes possèdent des filaments mycéliens peu développés, non cloisonnés et contenant plusieurs noyaux. Ces filaments sont appelés siphons. Les phycomycètes ont été longtemps appelés siphomycètes.

Les phycomycètes sont des champignons qui ont besoin d'eau, surtout pour se reproduire par voie sexuée ou par voie asexuée. La reproduction asexuée se fait par l'intermédiaire de spores flagellées. La reproduction sexuée se fait aussi grâce à des zoogamètes flagellés qui ont besoin d'eau pour se déplacer et se rencontrer. Une goutte d'eau ou de rosée sur le support suffit pour libérer les cellules reproductrices et permettre le développement d'un nouveau filament mycélien.

La classification des phycomycètes se fait sur la base de leurs cellules flagellées appelées aussi zoïdes.

Les oomycètes comprennent les saprolégniales qui vivent dans les eaux douces, en saprophytes sur les débris organiques (Saprolegnia, Achlya) ; les péronosporales, champignons responsables de graves maladies chez les plantes (mildioux ou rouilles blanches). Phytophtora infestans provoque le mildiou de la pomme de terre et des tomates, Plasmopara viticola est l'agent du mildiou de la vigne, Albugo candida provoque la rouille des crucifères.

Les chytridiomycètes représentés par les genres Allomyces, Chytridium, Monoblepharis, etc. Dans le genre Allomyces, les gamètes mâles sont attirés par les gamètes qui sécrètent une phéromone appelée sirénine, phéromone que l'on sait synthétiser.

Les zygomycètes :

Le mycélium des zygomycètes n'est pas cloisonné (siphon), sauf au moment de la formation des cellules sexuelles ou des spores. Ces champignons forment un feutrage blanc ou coloré. Les zygomycètes sont proches des champignons supérieurs (ascomycètes), mais ils ne développent pas d'asques, mais de grosses spores à parois épaisses : les zygospores. On distingue trois classes de zygomycètes.

Les mucorales, comme Rhizopus nigricans ou R. stolonifer (moisissures du pain) sont pour la plupart des saprophytes, formant des moisissures blanches ou colorées sur les débris organiques, les excréments ou les matières grasses, d'autres vivent en parasites sur d'autres champignons ou des plantes supérieures.

Les entomophorales sont pour la plupart parasites d'insectes et de plantes, quelques-uns sont saprophytes.

Les zoopagales sont des champignons vivant dans le sol ou les eaux douces où ils capturent des nématodes (Dactylella) ou des amibes. Les Dactylella sont maintenant utilisées comme nématophages dans le cadre de la lutte biologique.

Les pénicilliums et les oïdiums :

Ces champignons appelés aussi périascomycètes forment un groupe dont la position systématique est incertaine. Ils présentent toutefois des analogies avec les ascomycètes.

Les laboulbéniales sont essentiellement parasites des animaux, particulièrement des insectes. Ces champignons dont le mycélium est très petit (quelques micromètres à un ou deux millimètres) forment un feutrage sur les téguments de l'animal.

Les moisissures du genre Aspergillus se développent sur de nombreux substrats. Aspergillus glaucus se rencontre souvent sur les confitures. A. fumigatus est responsable d'une aspergillose broncho-pulmonaire souvent grave, voire mortelle. On a fait l'hypothèse que les "malédictions" frappant les découvreurs des tombeaux de Toutankhamon ou des rois de Pologne à Varsovie étaient liées à cette aspergillose. A. flavus, sur les arachides, produit des aflatoxines responsables d'intoxication et de cancer du foie. Certains Aspergillus sont utilisés dans la production d'enzymes (A. niger), d'autres dans la fabrication d'aliments (A. oryzae, fabrication de la sauce au soja). Proche des Aspergillus, Botrytis cinerea, par ailleurs toxique lorsqu'il se trouve sur certains légumes (céleri, poireau) est recherché (pourriture noble) lorsqu'il couvre les grappes de raisin pour la fabrication de vins moelleux (Sauternes, Barsac) ou des vins jaunes du Jura (Château-Challon) ou Allemands (Beerenauslese).

Dans le genre Penicillium, certaines moisissures sont nuisibles (P.expansum sur les pommes), d'autres sont allergènes ou toxiques. En revanche, P. roqueforti ou P. camemberti servent à la fabrication des fromages. P. chrysogenum produit la pénicilline. Le genre Fusarium comprend de nombreux parasites des plantes. F. oxyporum détruit les bananiers. F. culmorum provoque la fusariose du blé.

Les érysiphales du groupe des Oïdiums provoquent des dégâts sur les rosiers, les graminées, la vigne, etc.

quelles applications pour les champignons ?

SOURCE

• www2.ac-lille.fr/myconord/Page02.htm

• http://www.pasteur.fr/actu/presse/documentation/mycoses.htm

• http://mycologie.euro-bioweb.com/pages/generalites.htm

• http://www.univ-ubs.fr/ecologie/champignoninf.html

• www.edunet.tn/ressources/resdisc/Sciences

• http://membres.lycos.fr/microbio/mycologie/mycoses.html

• www.culture.gouv.fr/culture/conservation/fr/cours

• http://www.kousmine.com/les7.htm